为贯彻落实《教育部关于进一步贯彻执行国家科研经费管理政策 加强高校科研经费管理的通知》（教财[2011]12号）、《教育部关于进一步加强高校科研项目管理的意见》（教技[2012]14号）和《教育部关于进一步规范高校科研行为的意见》（教监[2012]6号）及《中共上海市教育卫生工作委员会 上海市教育委员会关于加强上海高校科研经费管理的若干意见》（沪教委科〔2010〕54号）等相关科研经费管理的精神，建立健全符合科研活动规律的科研经费管理体制和运行体制，提升科研经费管理服务水平，提高资金使用效益，促进科研事业健康发展，结合学校实际情况，对学校的各类纵向、横向科研经费，特制定如下办法。
一、明确责任主体，建立分级管理体制
1. 强化学校主体责任。学校是科研经费管理的责任主体，实行“统一领导、分级管理、责任到人”的科研经费管理体制，合理确定科研、财务、人事、资产（设备）、审计、监察等部门的责任和权限，完善内部控制和监督约束机制。确保经费使用权、管理权和监督权的有效行使。
2. 明确院系监管责任。学院、系、所和校内各类研究机构（简称院系），是科研活动的基层管理单位，对本单位科研经费使用承担监管责任。院系要根据学科特点和项目（含课题，下同）实际需要，合理配置资源，为科研项目执行提供条件保障；要监督预算执行，督促项目进度。学校将科研经费管理绩效纳入院系负责人的考核范围。
3. 落实项目负责人直接责任。科研项目负责人是科研经费使用的直接负责人，对经费使用的合规性、合理性、真实性和相关性承担法律责任。项目负责人要熟悉并掌握有关财政法律法规和科研经费管理制度，依法、据实编制科研项目预算和决算。按照批复预算和合同（任务书）使用经费，接受上级和学校相关部门的监督检查。
二、完善工作机制，提升管理服务能力
4. 设立专门机构。学校在财务部门内部统一设置科研经费管理服务机构。科研经费管理服务机构负责协助、指导项目申请人合理编制经费预算，对已批复或签订合同（任务书）的项目提供从到款通知到具体项目经费分配、预算执行进度通报、经费使用建议、预算调整、决算编制、外部沟通协调等全过程服务，会同学校有关部门做好政策咨询、业务培训、科研合同管理、技术市场登记、税费减免等相关工作。
5. 建设专业化队伍。学校根据实际需要，配备专业的财务、科研管理人员，充实科研经费管理服务力量。建立科研经费管理服务人员业务培训制度，提升管理服务的专业化水平；引导院系和有条件的项目负责人根据需要聘用科研秘书，协助完成项目经费预算执行过程中的相关工作。学校财务部门定期会同科研管理部门加强对项目负责人和科研秘书等人员的政策宣传和业务培训，强化遵纪守法、廉洁自律意识。
6. 完善科研信息系统。学校统筹规划，整合现有信息资源，完善系统功能，建立校内科研、财务等部门和院系、项目负责人共享的信息平台，实现科研项目从申报、评审、立项、执行到验收的全过程数字化管理与服务，提高管理水平，提升服务质量。
三、规范预算管理，提高预算编制质量
7. 科学编制项目预算。学校科研经费管理服务机构和院系要协调科研项目申请人根据有关科研经费管理方法的规定，结合科研活动的特点和实际需要，按照目标相关性、政策相符性和经济合理性的原则，科学、合理、真实地编制科研经费预算。坚持勤俭节约，合理安排支出，提高资金使用效益。涉及政府采购的，要严格按照政府采购相关规定和程序编制政府采购预算。相关科研经费管理办法规定科研项目经费分为直接费用和间接费用的，直接费用的各项支出由项目负责人根据科研特点和实际需要编制；间接费用按照归口管理部门和学校的相关规定，由学校统一编制。
8. 建立预算评审制度。学校可根据实际情况，组织校内相关职能部门、咨询专家或中介机构对本校拟申报的财政资金支持的相关科研项目进行预算评审，提出预算审核建议。项目负责人应当根据预算审核建议调整预算编制。涉及劳务费的，要考虑相关人员参与课题的全时工作及完成任务的可行性，合理核定劳务费支出范围和标准；涉及重大仪器设备、重要文本文献等资产购置的，要综合考虑学校现有相关资产存量及使用情况、区域内资源配置及共享情况，避免重复购置和闲置浪费；涉及外拨经费的，必须充分论证并严格审核合作（外协）单位和参与人员和科研项目的相关性以及关联交易的公允性。
9. 规范预算调整程序。纵向科研项目预算一经批复，原则上不予调整，确需调整并符合相关科研费用管理办法规定调整范围的，应按规定履行相关调整程序；横向科研项目预算的调整按照合同规定或当事人约定进行。按规定属于学校预算调整权限内的一般预算调整事项，由项目负责人根据科研活动实际需要提出预算调整方案，经院系及学校科研部门审核同意，由科研经费管理服务机构批准后执行；重大预算调整事项，除履行上述一般预算调整程序外，还须经分管校领导批准后方可执行。
四、强化统一管理，严格科研经费支出
10. 加强科研经费统一管理。纵向科研经费和横向科研经费应当全部纳入学校财务统一管理，按照相关科研经费管理方法，委托方或科研合同的要求合理使用。涉及国有资产（包括知识产权等无形资产）的使用和处置管理，应按国有资产管理相关规定办理手续，不得以任何方式隐匿、私自转让、非法占有国有资产或利用国有资产谋取私利。
11. 规范科研经费合同管理。使用非财政性资金的项目，应该与对方单位签订业务承揽合同或协议，合同或协议须由校长或授权委托的校领导、归口职能部门签署，各学院一般不得擅自签署各类经济合同或协议，但经归口职能部门同意的除外。
12. 规范经费支出管理，严格外拨经费审核。完善科研经费支出审核制度，严格票据审核，必要时要求项目负责人提供明细单等有效证明，杜绝虚假票据；要严格审核发放人员资格、标准；严格执行国家政府采购制度的规定，购买货物、工程或服务的支出，必须通过法定的采购方式、采购方法和采购程序来进行。外拨经费支出应当以合作（外协）项目合同为依据，按照合同约定的外拨经费额度、拨付方式、开户银行和账号等条款办理。项目负责人应对合作（外协）业务的真实性、相关性负责。
13. 严禁违规使用经费。科研人员应严格按照预算批复或合同（任务书）的支出范围和标准使用经费，严禁以任何方式挪用、侵占、骗取科研经费。严禁编造虚假合同、编制虚假预算；严禁违规将科研经费转拨、转移到利益相关的单位或个人；严禁虚构经济业务、使用虚假票据套取科研经费；严禁借科研协作名义，将科研经费挪作它用；严禁设立“小金库”。
五、健全管理机制，完善绩效管理方法
14. 按规定加强间接费用管理。按照有关科研项目费用管理办法规定提取间接费用的，学校合理确定项目间接费用标准，以直接提取方式将间接费用纳入学校财务统一管理，并结合实际制定间接费用分配及使用方法。间接费用按照相关规定用于补偿学校、院系为支持科研活动开展而发生的无法在直接费用中列支的相关费用。
15. 完善校内科研绩效管理方法。学校建立以高水平成果、高层次人才为导向的科研绩效评价体系。
六、加强监督检查，落实责任追究制度
16. 健全监督检查机制。健全包括审计、监察、财务、科研等部门和社会中介机构在内的科研经费监督体系，建立科研项目的财务审计与财务验收制度。
17. 落实责任追究制度。学校要将专项审计、中期财务检查、财务验收和绩效评价等结果作为项目申请和科研经费预算分配的重要依据。对发生违纪违法问题的单位和个人，按照有关规定进行严肃处理，依情节轻重给予行政处罚或处分。